药学部是集药品供应与调剂、临床服务与管理、药学实践与教育、药学科研与教学为一体的综合性技术服务部门。药学部下设临床药学室、门诊药房、静脉药物集中调配中心、中药房和药物临床试验机构办等部门，现为国家药品不良反应监测哨点联盟单位、江门市化妆品不良反应监测哨点单位、药品安全合作联盟（PSM）志愿者工作站，其中静脉药物集中调配中心为江门市区首家静配中心，省内第4家认证单位，首批广东省静配药师培训基地。门诊药房为江门地区首家智慧药房。药学部现有药学专业技术人员74名，其中高级职称9名，中级职称36名。

科室在江门地区率先开展临床药学带教工作。甘美婵主任药师被聘为大理大学临床药学专业硕士研究生指导教师，钟洁霞副主任药师为江门地区首位“广东省药学会静脉用药调配中心评估专家”，此外还有6名药师被聘为广东中医药职业学院临床兼职教授。科室重视科研能力建设，获江门市科学技术进步奖2项，江门市自然科学优秀论文奖多项。